崇祯皇帝在时次辅蒋德璟的建议下重新启用郭尚友，叙列往功，充为南京京营提督大臣，掌南京京营之兵马、钱粮、分配等诸事。

南京兵部尚书一职自史可法调任都察院御史以来一直空缺，朝廷也没有明旨任命其他人不缺，可是实际上，郭尚友、周经武和马士英三个人，却已经掌握了南京城全部的兵马城防。

崇祯皇帝任命郭尚友之后，自然有所防备。

据厂卫密奏，郭尚友到任后常与神武军左都督周经武、南京吏部尚书马士英等帝党成员往来，对崇祯皇帝诛灭东林只字未提，却为诛东林尽心尽力。

魏藻德卸职前曾言：“纠合以往，善儒郭尚友字实有功无过也。”

郭尚友在鞑清入关后力拒未仕，在历史记载上自然是寥寥数语，然而崇祯启用此人毕竟是有原因的，郭尚友在万历、泰昌、天启三朝为官时政绩在内廷早有备案。

再加上东厂遍布天下的档案、卷宗，要想捋清一个人到底是忠是奸，对崇祯皇帝来说其实非常容易，越是查，崇祯皇帝就越是对郭尚友喜欢起来。

相比那些高喊道德口号的东林党而言，郭尚友才是真正的清流。

东厂潍县地支在崇祯十九年初上报，郭尚友在文人中声名极臭，但是在当地衙署中至今仍存有威望，市井中亦皆如此。

被革职这么久的一个人至今在地方上仍有威望，听起来就跟放屁一样。

崇祯又亲自派人下去暗访，却发现这是真的，每问起百姓，不管男女老少，皆是异口同声称“郭尚书”为官清廉，刚正无私，被削职才是冤枉。

起先崇祯皇帝不信传言，勒令东厂重新彻查郭尚友，王承恩却也说了，他发现在万历末年时任县令的郭尚友因替百姓请冤而得罪权贵，以致当年考核无法升迁之事。

细数此类事件还有很多，似乎正是郭尚友屡屡不得升迁的主要原因。

天启年间，山东数县发生饥荒，上任途中路过的郭尚友倾囊相助，甚至向友人借问银两，到处奔走筹措银两，资虽不济，但却使百姓十余户得以活命。

后来，王承恩在调查中发现，郭尚友一个县令，凭政绩早就该调任升职，但他却足足干了十几年，就算遇到调任，也是将他调往偏僻常人不远去往之处。

说白了就是政绩低的那些无能之辈上去了，政绩高的如同郭尚友这般反而遭到贬黜，这么奇怪的事儿就很值得东厂的注意。

究其原因，自是当时郭尚友行事得罪了诸多官员、权贵，以致声名不佳，不附东林，更使得他升迁无望。

说来好笑的是，直到魏忠贤所谓“阉党”执政时期，郭尚友才被召往京师开始任实职，直到官至户部尚书。

晚年回乡，逢山东灾荒，潍县尤为严重，郭尚友又尽散家财，煮粥周济灾民，无数饥民得以存活。

崇祯十二年，郭尚友与县令邢国玺集资修城，改土城为石城，并铸铁炮置城四角楼。

崇祯十五年秋，鞑清兵马围攻潍县，郭尚友仍与张尔忠、胡振奇等同县令周亮工固守御敌达三月之久，使县城免遭蹂躏，百姓复得安居乐业。

郭尚友虽削职在家，可就连当地县令都对他尊敬备至。