“马爱卿，国朝之南北两京制，你以为如何？”
忽然间，一直没怎么吭声的崇祯皇帝看向吏部尚书马士英，淡淡询问道。
“回皇上，臣以为...”马士英心中一惊，面上浑然不动，说道：“南北两京制，乃是成祖皇帝定下的成规祖制，臣不敢妄自揣测。”
这话说的很中肯，崇祯皇帝明白是马士英不肯多说，怕惹上一身骚，倒是也理解，当下还决定把话彻底挑明，点头又道：
“朕有意废除南京陪都，改成金陵，设省同制，撤销南京六部，由京师统一管理全国政务，上通下达，马爱卿又觉得如何？”
“这...”马士英闻言有些震惊，一时竟是无从说起，犹豫半晌才道：“陛下，非是臣不遵陛下之命，而是天下之大，若不设两京，当不能共御啊！”
“此言有理，但若朕非要废了南京六部呢，又该如何？”崇祯皇帝点点头，话锋一转，又道。
群臣听见这两人的对话，许多人都是面色大惊，废了南京陪都地位，再撤了南京六部，那他们去做什么，回家种地不成？
这可不行！
南京都察院左都御史陈洪成出班道：“启奏陛下，万万不可！”
“南京为我朝龙兴之地，龙脉在此，又是太祖皇帝钦定国都，根不可断，臣以为不仅不该如此，更应该迁都于南京，以北京为陪都。”
“如此，国事大有可为！”
又一侍郎站出来说道：“龙兴之地在凤阳，哪里是金陵？陛下，臣建议将凤阳立为新都，南北两京为陪都！”
看了陈洪成和一眼，崇祯皇帝没有说话，这时候礼部尚书，皇子座师张尔岐出班道：“启奏陛下，臣觉得可行！”
“两京制不可废，臣来南京日久，见六部及各官署鲜有实事可为，然则权柄愈大，肥硕流油，百姓却日益困乏，便深感不安。”
“京师政令不得主南，南方之民以南京为主，不尊京师，长此以往，必国将不国！”
“所以，臣提议，不仅要撤销南京六部，那些职权甚大但却无甚实务的官署，都要统统撤销，设立新的官署取而代之，但两京制不可废，仍要以南京为陪都！”
紧接着，工部尚书高弘图出班表示赞同，说道：“启奏陛下，两京制使国朝安兴至今，不可轻言废之，否则，江南一带必然再起动乱！”
“何况，历鉴前朝，两汉以洛阳、长安为两京，繁荣兴盛了四百余年！唐先是两京，后甚至增加为五京制，我大明国土辽阔，不下于汉唐，若不设南北两京，百姓不知朝廷，又如何上通下达？”
“臣恳请圣上三思！”
崇祯皇帝转念一想，高弘图和张尔岐两个人说的倒也有些道理，心下有些沉吟，听着下面群臣激烈的讨论，摆手说道：
“今日就到这里吧。”
......
关于南北两京制的争端，实际上从成祖迁都开始，就一直持续，正因为这种无法决定下来的争端，才使得大明直到英宗六年才正式定都北京，之前一直都称其为“行在”。
意思自然就是皇帝率文武群臣暂时驻扎的临时首度，自英宗六年正式定都北京之后，一直都没有取消南京作为首度的合法性，朝廷将其称为“留都”，即“置官留守的首都”，时人也称“南都”。
因为南京是太祖所定之都，它名义上的政治地位重于唐代事实上的“东京”洛阳，但实际的地位却不如唐代的洛阳。
因为唐代洛阳和长安相距不远，一些皇帝特别是改国号为“周”的武则天曾长期住在洛阳，洛阳因此成为实际上的京师。
设两个都城，皇帝可以朝发夕至，其实所谓“山高皇帝远”对唐代的两京制度不大。
留都南京对大明朝而言，更具象征意义，然而实际意义不大，崇祯从朱棣在皇明卷宗上的密辛得知，当时成祖皇帝选择北京的原因很多，两京制不过是他的借口罢了。
首先一个，明朝南、北“两京制”形成后，北京作为政治、军事化中心，很长一段时间，南北达到一种微妙的平衡。
其实崇祯皇帝也觉得该有第二个都城，以备后患，不过六部和那么多无用的官署只是为了留一个备份的朝廷，实在是弊端大而用处小。